I pazienti affetti da CDLS possono presentare una vasta gamma di disturbi medici, spesse volte trattabili e risolvibili, abbastanza specifici e subdoli nella loro estrinsecazione.

La complicanza medica più importante è rappresentata dal reflusso gastro-esofageo, presente a secondo delle casistiche tra il 70 ed il 90% dei soggetti; è ormai chiaro che questo problema non si associa nella CDLS ai classici sintomi osservabili nella comune popolazione pediatrica (vomito, rigurgito, scarso accrescimento) ma si esprime con una sintomatologia atipica (agitazione notturna, infezioni ricorrenti delle alte e basse vie aeree, iperattività e auto-aggressività). Nella nostra esperienza, purtroppo, quando il pediatra si convince della necessità di eseguire accertamenti (phmetria, radiografia del tubo digerente, endoscopia) sono spesso già presenti infiammazione dell'esofago (esofagite) se non addirittura ulcerazioni della sua parete interna.

Il trattamento è inizialmente farmacologico; può in certi casi essere però necessario un intervento chirurgico.
Altre complicanze frequenti riguardano l'occhio (presenza di grave miopia e di blefariti croniche), l'apparato uditivo (nel 20% dei casi è osservabile un certo grado di ipoacusia, sono frequentissime le otiti), i seni paranasali (alta incidenza di sinusiti e di poliposi), i denti (malocclusione, malposizione dentale, carie multiple da scarsa igiene orale), l'apparato gastro-intestinale (discreta incidenza di malrotazione che predispone allo sviluppo di volvolo con occlusione intestinale) e l'apparato scheletrico (problemi a carico delle anche, sviluppo nel tempo di un certo grado di ipertono a carico degli arti inferiori).
Nel 20% circa dei casi è infine descritta l'insorgenza di crisi convulsive di solito ben controllabili farmacologicamente.